Le plateau continental descend brusquement juste au large, formant des parois et des canaux sous-marins où les coraux corne d'élan, les coraux cerveau et les gorgones s'ancrent à la roche volcanique. Ces récifs se sont rétablis régulièrement depuis la création de la réserve naturelle La Cordillera en 1980, une zone protégée s'étendant sur dix-sept cayes et hauts-fonds au nord-est de la municipalité. La visibilité sous l'eau atteint en moyenne vingt à trente mètres pendant les mois les plus calmes, une clarté due à un faible ruissellement fluvial et à l'échange constant d'eau du large.
L'industrie de l'excursion de snorkeling à Fajardo a émergé au début des années 1990 lorsque les opérateurs d'écotourisme ont reconnu le double attrait de la région : des points de lancement accessibles à Villa Marina et la proximité d'îlots inhabités comme Icacos, Palomino et Palominito. Ces sites se trouvent à une vingtaine de minutes de bateau, suffisamment proches pour des excursions d'une demi-journée tout en étant assez isolés pour maintenir des conditions préservées. Les opérateurs travaillent sous des permis délivrés par le Département des ressources naturelles de Porto Rico, qui plafonne le nombre de visiteurs quotidiens et impose une taxe de conservation marine de trois dollars pour financer la surveillance des récifs et l'entretien des bouées d'amarrage. La taxe, collectée en espèces au départ, soutient les évaluations bisannuelles de la santé des coraux menées par le Département des sciences marines de l'Université de Porto Rico.
Les excursions en bateau de snorkeling à Fajardo suivent généralement des itinéraires dictés par les régimes de vent et l'état de la houle. Les départs matinaux privilégient les cayes du nord, où des mers plus calmes permettent d'accéder à des jardins peu profonds de coraux corne de cerf habités par des poissons-perroquets, des sergents-majors et des chirurgiens bleus. Les excursions de l'après-midi se déplacent souvent vers les côtés abrités d'Icacos ou les canaux de mangroves de Cayo Lobo, où les raies pastenagues reposent sur des fonds sablonneux et les barracudas juvéniles se regroupent près des herbiers marins. Les excursions en catamaran au départ de Fajardo, Porto Rico, offrent plus d'espace sur le pont et une meilleure stabilité, attirant les familles et les débutants qui préfèrent un rythme plus lent et des équipements à bord tels que des rinçages à l'eau douce et des sièges ombragés.
La biodiversité de la réserve reflète des siècles de stabilité géologique. Les preuves fossiles montrent que la formation des récifs ici remonte à douze mille ans, lorsque l'élévation du niveau de la mer après la période glaciaire a submergé d'anciennes plateformes calcaires. Aujourd'hui, plus de deux cents espèces de poissons habitent le complexe de La Cordillera, aux côtés de tortues imbriquées et de tortues vertes qui se nourrissent d'éponges et d'algues. Les migrations saisonnières amènent des raies aigles et des requins nourrices occasionnels dans les hauts-fonds, des observations les plus fréquentes entre avril et septembre lorsque la température de l'eau atteint environ 29 degrés Celsius.
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